Por alguna razon trixbox no actualiza freepbx, entonces hay que hacerlo manualmente.
bajate freepbx de
http://easynews.dl.sourceforge.net/sourceforge/amportal/freepbx-2.1.3.tgz
tar xzf freepbx-2.1.3.tgz
luego lo instalas de esta forma
cd freepbx-2.1.3
./install_amp
y listo. ahora si podras ver las actualizaciones de los modulos que maneja freepbx.